Auch in der Hochschulambulanz für Neuromuskuläre Erkrankungen erfolgt die Ausrichtung der Behandlung krankheitsspezifisch. Bei den häufigen erworbenen neuromuskulären Erkrankungen wie diabetischer- oder alkoholtoxischer Neuro- bzw. Myopathien stehen das Auffinden bzw. die Ausschaltung der Auslöser im Vordergrund der Behandlung.

Bei autoimmunbedingten Nerven- und Muskelerkrankungen kommen Immuntherapeutika zum Einsatz, bei erregerbedingten Entzündungen Antibiotika. Während bei der Behandlung der meisten genetisch bedingten neuromuskulären Erkrankungen im Moment lediglich supportive (Ergo- und Physiotherapie) und symptomatische Behandlungen eingesetzt werden können, stehen für einzelne Krankheitsbilder (wie die spinale Muskelatrophie SMA) inzwischen neuartige und spezifisch wirksame Therapien zur Verfügung.